Ο ΔΑΠΕΕΠ είναι ο διαχειριστής του Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Διασυνδεδεμένου Συστήματος και Δικτύου.
Ο ΕΛΑΠΕ διαχωρίζεται λογιστικά σε δύο Υπολογαριασμούς: (α) τον Υπολογαριασμό Αγοράς Ηλεκτρικής Ενέργειας και (β) τον Υπολογαριασμό Ενισχύσεων. Τα έσοδα του Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Διασυνδεδεμένου Συστήματος και Δικτύου χαρακτηρίζονται ως Έσοδα Αγοράς Ηλεκτρικής Ενέργειας και ως Έσοδα Ενισχύσεων αντίστοιχα.
Επιπρόσθετα, ο Ειδικός Λογαριασμός ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ του άρθρου 40 του ν. 2773/1999 διακρίνεται σε: (α) «Ειδικό Λογαριασμό ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Διασυνδεδεμένου Συστήματος και Δικτύου» και (β) «Ειδικό Λογαριασμό ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Μη-Διασυνδεδεμένων Νησιών».
Το πλεόνασμα ή το έλλειμμα του Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Μη-Διασυνδεδεμένων Νησιών αποτελεί έσοδο ή εκροή του Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Διασυνδεδεμένου Συστήματος και Δικτύου, σύμφωνα με τα ειδικότερα προβλεπόμενα στον Κώδικα ΜΔΝ. Η ΔΕΔΔΗΕ ΑΕ, ως εκ του νόμου διαχειριστής και λειτουργός της Αγοράς των ΜΔΝ, είναι ο διαχειριστής του Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ & ΣΗΘΥΑ Μη-Διασυνδεδεμένων Νησιών.
Οι Διαχειριστές ΔΑΠΕΕΠ ΑΕ και ΔΕΔΔΗΕ ΑΕ, καταβάλλουν τα ποσά αποζημίωσης στους αντισυμβαλλόμενούς τους, τα οποία ανακτούν πλήρως από τον Ειδικό Λογαριασμό που διαχειρίζονται.